A organização interna da DGEstE obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
a) Nas áreas de atividade relativas à prossecução de atribuições nos domínios do planeamento organizacional e da gestão da rede escolar, do apoio pedagógico, da prevenção do risco e controlo da violência nas escolas, dos recursos humanos, materiais e financeiros e administração geral, apoio jurídico e contencioso, dos sistemas de informação e de comunicação do MEC é adotado o modelo de estrutura hierarquizada;
b) Nas áreas de atividade relativas ao desenvolvimento de projetos transversais relacionados com o acompanhamento e o apoio à implementação das diferentes ofertas educativas, o estudo e a monitorização da autonomia das escolas, a modernização administrativa, a inovação e o desenvolvimento de processos, o acompanhamento e a monitorização das políticas da educação, é adoptado o modelo de estrutura matricial.