A direcção clínica da ULS incumbe a dois médicos do conselho de administração, um da área de medicina geral e familiar e outro da área hospitalar, aos quais compete a coordenação da assistência prestada aos doentes e a qualidade, correcção e prontidão dos cuidados de saúde, designadamente:
a) Coordenar a elaboração dos planos de acção apresentados pelos vários serviços de acção médica hospitalar e dos centros de saúde, a integrar no plano de acção global da ULS;
b) Assegurar uma integração adequada da actividade médica, designadamente através de uma utilização não compartimentada da capacidade instalada;
c) Propor medidas necessárias à melhoria das estruturas organizativas, funcionais e físicas dos serviços de acção médica, dentro de parâmetros de eficiência e eficácia reconhecidos, que produzam os melhores resultados face às tecnologias disponíveis;
d) Aprovar as orientações clínicas relativas à prescrição de medicamentos e meios complementares de diagnóstico e terapêutica, bem como os protocolos clínicos adequados às patologias mais frequentes, respondendo perante o conselho de administração pela sua adequação em termos de qualidade e de custo-benefício;
e) Propor ao conselho de administração a realização, sempre que necessário, da avaliação externa do cumprimento das orientações clínicas e protocolos mencionados, em colaboração com a Ordem dos Médicos e instituições de ensino médico e sociedades científicas;
f) Desenvolver a implementação de instrumentos de garantia de qualidade técnica dos cuidados de saúde;
g) Decidir sobre conflitos de natureza técnica decorrentes da acção médica;
h) Decidir as dúvidas que lhe sejam presentes sobre deontologia médica, desde que não seja possível o recurso, em tempo útil, à comissão de ética;
i) Participar na gestão do pessoal médico, designadamente nos processos de admissão e mobilidade interna, ouvidos os respectivos dirigentes;
j) Velar pela constante actualização do pessoal médico;
l) Acompanhar e avaliar sistematicamente outros aspectos relacionados com o exercício da medicina, investigação e com a formação dos médicos;
m) Desenvolver e analisar estatísticas de saúde.