1 -O Fundo é dirigido por um diretor e coadjuvado por um subdiretor, que são, por inerência, o secretário-geral e o secretário-geral adjunto do Ministério do Ambiente.
2 -Compete ao diretor do Fundo:
a)Cumprir e executar as orientações do membro do Governo responsável pela área do ambiente;
b)Elaborar as propostas de regulamentos necessárias ao funcionamento do Fundo, com vista à sua aprovação pelo membro do Governo responsável pela área do ambiente;
c)Aprovar os manuais de procedimentos internos e para os beneficiários dos apoios a atribuir;
d)Elaborar, submeter à aprovação do membro do Governo responsável pela área do ambiente e publicar o programa de avisos para apresentação de candidaturas previsto no n.º 2 do artigo 7.º;
e)Apreciar os montantes dos apoios a atribuir contemplados no plano anual de atribuição de apoios, bem como os apoios previstos no n.º 4 do artigo 7.º e respetivas candidaturas, para submissão a autorização do membro do Governo responsável pela área do ambiente;
f)Verificar se o beneficiário tem capacidade administrativa, financeira e operacional para cumprir as condições definidas para a atribuição do apoio, de acordo com os critérios do programa de avisos, quando aplicável;
g)Verificar se o objeto da candidatura ou do pedido de apoio tem enquadramento nas elegibilidades específicas, adequação técnica para prossecução dos objetivos e finalidades específicas visadas, bem como viabilidade e sustentabilidade económica e financeira, quando aplicável;
h)Elaborar, para aprovação do membro do Governo responsável pela área do ambiente, os orçamentos anuais, bem como as contas e os relatórios de execução;
i)Outorgar os contratos de que o Fundo seja parte, incluindo os relativos à atribuição de apoios;
j)Preparar a proposta de decisão quanto ao pedido de apoio e fornecer todos os elementos necessários para a aprovação pelo membro do Governo responsável pela área do ambiente;
k)Assegurar o acompanhamento da execução do contrato relativo à atribuição do apoio, incluindo o pagamento das despesas apresentadas e comprovadas pelos beneficiários, bem como a sua conformidade com a legislação e regulamentação aplicáveis;
l)Garantir que os beneficiários utilizam um sistema contabilístico separado para todas as transações relacionadas com o apoio;
m)Assegurar o funcionamento de um sistema de controlo interno que previna e detete irregularidades e permita a adoção das medidas corretivas oportunas e adequadas.