A organização interna da ETF obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
a) O modelo estrutural matricial, nas seguintes áreas:
i) Estudo, implementação, desenvolvimento e acompanhamento de projetos;
ii) Função acionista das empresas do setor empresarial do Estado;
iii) Atividade da UTAP;
b) O modelo de estrutura hierarquizada, nas restantes áreas.