São competências da autoridade de certificação:
a) Elaborar e apresentar à Comissão Europeia declarações de despesas certificadas e pedidos de pagamento;
b) Certificar que a declaração de despesas é exacta, resulta de sistemas de contabilidade fiáveis e se baseia em documentos justificativos verificáveis;
c) Certificar que as despesas declaradas estão em conformidade com as disposições comunitárias e nacionais aplicáveis e foram incorridas em relação a operações seleccionadas para financiamento em conformidade com os critérios aplicáveis ao PROMAR e com as regras comunitárias e nacionais aplicáveis;
d) Certificar-se de que as informações recebidas sobre os procedimentos e verificações levados a cabo em relação às despesas constantes das declarações de despesas proporcionam uma base adequada para a certificação;
e) Assegurar os fluxos financeiros com a Comissão Europeia;
f) Manter registos contabilísticos informatizados das despesas declaradas à Comissão;
g) Manter a contabilidade dos montantes a recuperar e dos montantes retirados na sequência da anulação, na totalidade ou em parte, da participação numa operação, tendo em conta que os montantes recuperados antes do encerramento do PROMAR devem ser restituídos ao orçamento geral da União Europeia, mediante dedução à declaração de despesas seguinte;
h) Desenvolver os procedimentos necessários para garantir a compatibilização entre o sistema de informação utilizado pelo IFAP, I. P., enquanto autoridade de certificação, e o sistema de informação da autoridade de gestão.