1 -A direção é composta pelos:
a)Diretor;
b)Diretor clínico;
c)Subdiretor para o HFAR/PL;
d)Subdiretor para o HFAR/PP.
2 -Os cargos de diretor e de diretor clínico são exercidos por militares, médicos, respetivamente com o posto de comodoro ou brigadeiro-general e de coronel ou capitão-de-mar-e-guerra, competindo ao primeiro dirigir e orientar a ação do HFAR, e os cargos de subdiretores são exercidos por militares, com o posto de coronel ou capitão-de-mar-e-guerra.
3 -O cargo de subdiretor é exercido na direta dependência do diretor.
4 -Os membros da direção exercem as competências que lhes sejam conferidas pelo decreto regulamentar a que se refere o artigo 8.º e as que neles sejam delegadas ou subdelegadas.
5 -O diretor é designado, em comissão normal, por um período de três anos, por despacho do membro do Governo responsável pela área da defesa nacional, rotativamente por cada um dos ramos das Forças Armadas, sob proposta do CEMGFA, após indigitação do respetivo Chefe do Estado-Maior.
6 -Os restantes membros da direção são designados, em comissão normal, por um período de três anos, por despacho do CEMGFA, rotativamente por cada um dos ramos das Forças Armadas, após indigitação do respetivo Chefe do Estado-Maior.
7 -O Conselho de Chefes de Estado-Maior (CCEM) é ouvido no processo de designação do diretor.
8 -No âmbito da coordenação técnica da atividade de enfermagem, a direção é coadjuvada por um enfermeiro militar, designado por despacho do CEMGFA, rotativamente por cada um dos ramos das Forças Armadas, após indigitação do respetivo Chefe do Estado-Maior.