Na prossecução da sua missão, são atribuições do LMPQF:
- a)Prestar apoio logístico do medicamento e material sanitário às Forças Armadas, nomeadamente às forças nacionais destacadas;
- b)Prestar apoio nas áreas da saúde e do sanitarismo às Forças Armadas, nomeadamente em análises clínicas, análises de águas, controlo de ambientes, desinfestações, desratizações e desinfeções;
- c)Garantir o apoio logístico-sanitário à família militar e aos deficientes militares, podendo, na sequência de acordos que celebre, prestar esse apoio a outros utentes;
- d)Apoiar os militares, a família militar e os deficientes militares, através dos pontos de dispensa de medicamentos;
- e)Produzir e manipular medicamentos, de acordo com o disposto no regime jurídico dos medicamentos de uso humano, e outros produtos de saúde necessários ao abastecimento do serviço de saúde militar e das Forças Armadas;
- f)Produzir medicamentos que não se encontrem autorizados ou comercializados em Portugal e que sejam imprescindíveis na prática clínica e a distribuir pela rede hospitalar do Serviço Nacional de Saúde;
- g)Colaborar com o Serviço Nacional de Saúde no apoio a programas específicos de saúde, nomeadamente na distribuição de medicamentos e produtos de saúde;
- h)Produzir medicamentos manipulados a distribuir pela rede hospitalar do Serviço Nacional de Saúde;
- i)Produzir medicamentos, preparações e substâncias à base da planta da canábis;
- j)Produzir medicamentos para fazer face a situações de emergência, de epidemia ou pandemia;
- k)Colaborar na constituição da reserva estratégica do medicamento e garantir o seu armazenamento, gestão e distribuição;
- l)Centralizar as compras e executar todas as demais operações necessárias à aquisição, armazenamento e distribuição de medicamentos, dispositivos médicos e outros produtos de saúde, para as Forças Armadas e serviços integrados da administração direta e indireta do Estado no âmbito da área governativa da defesa nacional;
- m)Participar em projetos de investigação e desenvolvimento (I&D) e grupos de trabalho, no âmbito da sua atividade;
- n)Colaborar em ações de formação com instituições de ensino, no âmbito da sua atividade;
- o)Promover a cooperação técnico-militar no âmbito da formação e do apoio sanitário com países terceiros, principalmente no espaço da Comunidade dos Países de Língua Oficial Portuguesa;
- p)Celebrar protocolos com entidades públicas para prestação de serviços na sua área de atuação.