O Departamento de Hidrogeologia visa promover e realizar a investigação relativa ao conhecimento hidrogeológico do País, competindo-lhe:
- a)Reconhecer, definir e caracterizar as unidades hidrogeológicas e proceder à avaliação dos recursos hídricos subterrâneos;
- b)Proceder à inventariação e caracterização das águas subterrâneas e da sua vulnerabilidade à poluição;
- c)Promover o estudo da área de protecção das águas subterrâneas e colaborar na resolução dos problemas decorrentes do escoamento de efluentes industriais e de substâncias poluentes;
- d)Desenvolver o conhecimento hidrogeológico em áreas favoráveis aos recursos geotérmicos;
- e)Apreciar e dar parecer sobre propostas e estudos que envolvam o conhecimento hidrogeológico do País e o aproveitamento dos recursos hidrominerais.