A organização interna dos serviços obedece ao seguinte modelo estrutural mist:
- a)Nas áreas de actividade de gestão e administração, bem como de execução de penas e medidas privativas de liberdade, de estudos e planeamento, formação e de segurança, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas do tratamento penitenciário, nomeadamente, prestação de cuidados de saúde, ensino, formação profissional, trabalho, desporto, animação sócio-cultural, e preparação, em colaboração com a Direcção-Geral da Reinserção Social, da liberdade condicional e da liberdade para prova, e ainda, na área da exploração das actividades económicas dos estabelecimentos prisionais, o modelo de estrutura matricial.