O GPIAA é dirigido por um director, cargo de direcção intermédia de 1.º grau, nomeado por despacho conjunto do Ministro das Obras Públicas e do Primeiro-Ministro, sendo-lhe aplicável o disposto nos artigos 25.º e 26.º da Lei n.º 2/2004, de 15 de Janeiro, na redacção que lhe foi dada pela Lei n.º 51/2005, de 30 de Agosto.