O SSA rege-se pelos seguintes princípios:
- a)Flexibilidade, segundo o qual podem ser criadas condições para a contratação de seguros com apólices flexíveis e adaptáveis em função da especificidade das regiões e das culturas agrícolas, em função da especificidade das regiões, das culturas agrícolas ou das produções animais;
- b)Articulação dos apoios públicos, que impõe o estabelecimento de regras de atribuição, elegibilidade, prioridade e majoração no acesso a outros regimes de apoio público para os agricultores que tenham celebrado contratos de seguros agrícolas;
- c)Subsidiariedade, que institui o SSA como o principal instrumento para fazer face aos riscos inerentes à produção agrícola, devendo a atribuição de apoios públicos para compensar prejuízos relativos à produção agrícola confinar-se a riscos não cobertos pelos seguros existentes e aos agricultores que tenham celebrado contratos de seguro no âmbito daquele sistema;
- d)Razoabilidade dos preços das apólices, ao abrigo do qual pode ser definida uma margem de tolerância, expressa em percentagem da tarifa máxima de referência correspondente, que determina o custo máximo elegível para acesso ao apoio público, não podendo este valor ser excedido sem que exista uma fundamentação objetiva associada ao risco do tomador do seguro;
- e)Obrigatoriedade tendencial, de acordo com o qual a contratação de seguros agrícolas pode vir a ser estabelecida como condição de acesso para a atribuição de outros apoios públicos;
- f)Não compensação excessiva, que determina que da combinação do apoio aos seguros no âmbito do SSA com outros auxílios de Estado, instrumentos de apoio nacionais ou da União Europeia ou com regimes de seguros privados, não pode resultar numa sobrecompensação.