O funcionamento do SNC subordina-se aos seguintes princípios:
- a)Coordenação global, pela Inspecção-Geral de Finanças (IGF), da execução dos controlos;
- b)Articulação entre as entidades com competências nos diversos níveis de controlo do SNC, garantindo a eficiência e a eficácia do sistema;
- c)Garantia da boa gestão financeira na utilização dos fundos estruturais disponibilizados através do QCA III.