Integram a administração direta do Estado, no âmbito do MAOTE, os seguintes serviços centrais:
- a)A Secretaria-Geral do Ministério do Ambiente, Ordenamento do Território e Energia;
- b)A Inspeção-Geral dos Ministérios do Ambiente, Ordenamento do Território e Energia e da Agricultura e do Mar;
- c)A Direção-Geral do Território;
- d)A Direção-Geral de Energia e Geologia.