A FCT está sujeita à tutela de mérito e de legalidade do Ministro da Ciência e da Tecnologia, a qual compreende:
- a)A aprovação dos projectos de orçamento e respectivas alterações;
- b)A aprovação dos planos de actividades anuais e plurianuais, bem como do relatório anual de actividades;
- c)A aprovação da política geral de preços dos serviços prestados;
- d)A aprovação da participação da FCT em sociedades, associações, fundações e outras entidades;
- e)A aprovação dos actos de aquisição, oneração ou alienação de bens imóveis;
- f)A fiscalização do funcionamento da FCT;
- g)A prática dos actos cuja realização resulte de obrigação imposta por lei ou por compromisso internacional e que hajam sido omitidos pelos órgãos ou serviços da FCT;
- h)A apreciação e decisão dos recursos cuja interposição para o Ministro da Ciência e da Tecnologia esteja prevista na lei.