O EMC é chefiado pelo Chefe do Estado-Maior Conjunto (CEMC) e compreende:
- a)A Divisão de Planeamento Estratégico Militar (DIPLAEM);
- b)A Divisão de Recursos (DIREC);
- c)A Divisão de Inovação e Transformação (DIT);
- d)A Unidade de Apoio ao EMGFA (UNAPEMGFA);
- e)A Unidade de Gestão da Informação, Documentação e Arquivo (UGIDA).