A organização interna da ASAE obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de atividade de avaliação e comunicação do risco, laboratorial, serviços administrativos, técnicos e apoio jurídico, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de atividade de fiscalização, investigação e técnico-pericial, planeamento operacional e de instrução processual e contraordenações, o modelo de estrutura matricial.