São serviços do MCES:
- a)A Secretaria-Geral;
- b)A Inspecção-Geral da Ciência e do Ensino Superior;
- c)A Direcção-Geral do Ensino Superior;
- d)O Gabinete de Gestão Financeira da Ciência e do Ensino Superior;
- e)O Observatório da Ciência e do Ensino Superior;
- f)O Instituto de Meteorologia;
- g)O Gabinete de Relações Internacionais da Ciência e do Ensino Superior;
- h)O Museu Nacional da Ciência e da Técnica Doutor Mário Silva.