Integram a administração directa do Estado, no âmbito do MCTES, os seguintes serviços centrais:
- a)O Gabinete de Planeamento, Estratégia, Avaliação e Relações Internacionais;
- b)A Inspecção-Geral;
- c)A Secretaria-Geral;
- d)A Direcção-Geral do Ensino Superior.