A execução do FER subordina-se aos seguintes princípios:
- a)Boa gestão e razoabilidade financeira, visando a racionalização e optimização do financiamento público;
- b)Coerência e complementaridade face a outras políticas e meios disponíveis, designadamente no âmbito da Iniciativa Comunitária Equal;
- c)Rigor e eficácia na gestão e acompanhamento e fiabilidade dos mecanismos de certificação, avaliação e controlo;
- d)Simplificação administrativa e utilização das novas tecnologias na execução do FER.