O conselho pedagógico do IESM é constituído pelos seguintes membros:
- a)Director do IESM, que preside;
- b)Director do Departamento de Ensino;
- c)Director do Departamento de Cursos;
- d)Director do Centro de Investigação de Segurança e Defesa;
- e)Quatro representantes nomeados de entre os professores militares efectivos, sendo um de cada ramo e um da GNR;
- f)Três representantes nomeados de entre os professores e investigadores de carreira;
- g)Três representantes nomeados de entre os restantes professores e investigadores em regime de tempo integral, com contrato de duração não inferior a um ano, que sejam titulares do grau de doutor, qualquer que seja a natureza do seu vínculo à instituição;
- h)Nove representantes dos auditores e alunos;
- i)Membros convidados pelo director, de entre professores ou investigadores de outras instituições ou personalidades de reconhecida competência no âmbito da missão do IESM.