O Instituto compreende os seguintes serviços:
- a)A Direcção de Serviços de Programação, Avaliação e Documentação;
- b)A Direcção de Serviços da Coordenação Geográfica;
- c)A Direcção de Serviços dos Assuntos Comunitários para a Cooperação;
- d)A Direcção de Serviços da Cooperação Multilateral;
- e)A Direcção de Serviços da Cooperação Sócio-Cultural;
- f)A Direcção de Serviços da Cooperação Técnica e Económica;
- g)A Direcção de Serviços da Formação e dos Agentes da Cooperação;
- h)A Direcção de Serviços de Gestão;
- i)A Direcção de Serviços da Ajuda Humanitária e de Apoio às Organizações não Governamentais.