À Divisão de Navios compete assegurar a execução do plano de cruzeiros técnico-científicos, a operacionalidade dos navios de estudo e outras embarcações do IPIMAR, bem como o apetrechamento e manutenção de todo o seu equipamento, incumbindo-lhe:
- a)Assegurar a conservação, manutenção e operacionalidade dos navios de investigação e de outras embarcações ao serviço do IPIMAR, assim como do equipamento técnico-científico neles instalado;
- b)Contribuir para o planeamento da actividade dos navios de investigação;
- c)Promover a gestão dos meios humanos afectos aos navios de investigação.