Ao conselho de administração compete, em geral, a administração da Fundação e, em especial:
a) Definir a organização interna da Fundação;
b) Administrar e dispor do património da Fundação, cabendo-lhe deliberar sobre a alienação, total ou parcial, de direitos de superfície de que aquela seja titular e sobre a aquisição, alienação ou oneração de bens móveis ou imóveis, devendo, neste âmbito, decidir sobre a celebração de todo o tipo de contratos que envolvam, nomeadamente, a gestão ou a exploração parcial ou global do seu património e a construção de imóveis sobre o mesmo;
c) Preparar e submeter à aprovação do conselho directivo e do Ministro da Cultura o orçamento e o plano de actividades anuais da Fundação;
d) Preparar e submeter à aprovação do conselho directivo e do Ministro da Cultura o relatório anual, o balanço e as contas de cada exercício, acompanhados do parecer do conselho fiscal;
e) Elaborar e propor ao conselho directivo e ao Ministro da Cultura o plano trienal de actividades culturais;
f) Contrair empréstimos e conceder garantias;
g) Avaliar e aprovar propostas de projectos ou de actividades, aprovar a concessão de subvenções, apoios ou empréstimos a projectos específicos e quaisquer outras despesas da Fundação;
h) Contratar e dirigir o pessoal da Fundação;
i) Representar a Fundação, quer em juízo, activa e passivamente, quer em quaisquer actos ou contratos;
l) Instituir, manter e conservar sistemas internos de controlo contabilístico, incluindo os livros e registos respeitantes a todas as transacções e entradas e saídas de fundos, por forma a reflectirem correctamente, em cada momento, a situação patrimonial e financeira da Fundação;
m) Providenciar para que os livros e registos contabilísticos da Fundação sejam devidamente fiscalizados, pelo menos uma vez por ano, por uma empresa independente e conceituada de auditoria;
n) Nomear o director ou directores do museu ou museus permanentes, caso tal se justifique.