A organização interna da SG obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas relativas à gestão de recursos humanos, financeiros e patrimoniais, à auditoria e inspeção, aos assuntos jurídicos, à documentação e arquivos, às relações públicas e ao apoio ao Conselho de Ministros, ao planeamento e avaliação, à publicação dos diplomas do Governo e à comunicação social e sociedade de informação, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas demais áreas, o modelo de estrutura matricial.