Os serviços centrais do MFAP integrados na administração directa do Estado são os seguintes:
1) Executivos:
- a)Secretaria-Geral (SGMFAP);
- b)Direcção-Geral de Estudos e Previsão (DGEP);
- c)Direcção-Geral do Orçamento (DGO);
- d)Direcção-Geral dos Impostos (DGCI);
- e)Direcção-Geral das Alfândegas e dos Impostos Especiais sobre o Consumo (DGAIEC);
- f)Direcção-Geral de Informática e Apoio aos Serviços Tributários e Aduaneiros (DGITA);
- g)Direcção-Geral do Tesouro (DGT);
- h)Direcção-Geral do Património (DGP);
- i)Direcção-Geral da Administração Pública (DGAP);
- j)Direcção-Geral de Protecção Social aos Funcionários e Agentes da Administração Pública (ADSE);
- l)Direcção-Geral de Assuntos Europeus e Relações Internacionais (DGAERI);
2) De controlo, auditoria e fiscalização:
- a)Inspecção-Geral de Finanças (IGF);
- b)Inspecção-Geral da Administração Pública (IGAP).