O EMCC é o órgão de planeamento e apoio à decisão do CEMGFA e tem a seguinte estrutura:
- a)Adjunto para o planeamento;
- b)Divisão de Planeamento Estratégico-Militar (DIPLAEM);
- c)Divisão de Comunicações e Sistemas de Informação (DICSI);
- d)Divisão de Recursos (DIREC);
- e)Órgãos de apoio geral.