A actuação do INIA assenta numa gestão por objectivos e adequado controle orçamental e é disciplinada pelos seguintes instrumentos:
- a)Planos de actividade anuais e plurianuais, com definição dos objectivos e correspondentes planos de acção, devidamente quantificados;
- b)Orçamento anual elaborado com base no respectivo plano de actividades e com os desdobramentos internos que permitam a desconcentração de competências e adequado controle de gestão;
- c)Sistema de informação integrado, de gestão, com indicadores periódicos, que permita o acompanhamento e avaliação das actividades desenvolvidas e a introdução de correcções em tempo oportuno, sempre que necessário;
- d)Relatório anual de actividades, a elaborar até final do 1.º trimestre do ano seguinte;
- e)Conta de gerência e relatório financeiro, a elaborar nos prazos legais.