A definição da estrutura orgânica responsável pela execução do QCA III subordina-se aos seguintes princípios:
- a)Coordenação global da execução do QCA III ao nível governamental;
- b)Coordenação da execução do QCA III por fundo estrutural;
- c)Articulação da acção dos organismos envolvidos na gestão, acompanhamento, controlo e avaliação do QCA III;
- d)Desconcentração e descentralização;
- e)Parceria, com aumento e valorização da participação dos parceiros sociais e instituições representativas da sociedade civil;
- f)Simplificação dos modelos organizativos;
- g)Transparência, rigor e eficácia da gestão dos recursos financeiros;
- h)Reforço dos mecanismos de controlo, acompanhamento e avaliação.