O GISAF é dirigido por um diretor, cargo de direção intermédia de 1.º grau, sendo-lhe aplicável o disposto nos artigos 18.º a 19.º-A e 25.º e 26.º da Lei n.º 2/2004, de 15 de janeiro, alterada pelas Leis n.os 51/2005, de 30 de agosto, 64-A/2008, de 31 de dezembro, 3-B/2010, de 28 de abril, e 64/2011, de 22 de dezembro.