A organização interna da SG obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de atividade relativas a recursos humanos, financeiros, apoio jurídico e contencioso, aquisição de bens e serviços e contratação, logística e patrimonial, organização e qualidade, auditoria, inspeção e controlo interno, sistemas e tecnologias de informação, documentação, comunicação e arquivo e relações públicas, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de coordenação do programa orçamental e de informação financeira e orçamental, o modelo de estrutura matricial.