O SGIFR desenvolve-se em quatro níveis territoriais:
- a)Nacional, correspondente à NUTS I continente;
- b)Regional, nos seguintes termos:
- i)Norte, correspondente à NUTS II do Norte;
- ii)Centro, correspondente à NUTS II do Centro, sem as NUTS III do Médio Tejo e do Oeste;
- iii)Lisboa e Vale do Tejo, integrando as NUTS III da Área Metropolitana de Lisboa, Lezíria do Tejo, Médio Tejo e Oeste;
- iv)Alentejo, correspondente à NUTS II do Alentejo, sem a NUTS III da Lezíria do Tejo;
- v)Algarve, correspondente à NUTS II do Algarve;
- c)Sub-regional, correspondente às NUTS III do continente;
- d)Municipal, correspondente às unidades administrativas locais LAU 1 do continente.