A DGFCQA compreende os seguintes serviços:
- a)Direcção de Serviços de Administração;
- b)Direcção de Serviços de Fiscalização da Qualidade Alimentar;
- c)Direcção de Serviços de Certificação, Normalização, Promoção e Garantia da Qualidade Alimentar;
- d)Departamento de Coordenação e Apoio Técnico;
- e)Departamento de Regulamentação e Aplicação do Direito Alimentar;
- f)Gabinete das Trocas Intracomunitárias e com Países Terceiros;
- g)Laboratório Central de Qualidade Alimentar.