À Divisão de Microbiologia compete:
- a)Realizar as análises microbiológicas destinadas ao controlo de qualidade dos produtos alimentares;
- b)Realizar as análises microbiológicas destinadas à passagem de certificados de qualidade e genuinidade dos produtos alimentares;
- c)Realizar os estudos microbiológicos necessários à regulamentação da qualidade dos produtos alimentares;
- d)Realizar o estudo de novos métodos de análise microbiológica de produtos alimentares a propor como métodos oficiais;
- e)Colaborar com os serviços e entidades competentes nos estudos microbiológicos destinados à fixação das caracerísticas de salubridade dos produtos alimentares.