A definição da estrutura orgânica relativa à execução do QCA subordina-se aos seguintes princípios:
- a)Rigorosa delimitação e coordenação de competências exercidas aos níveis nacional, regional e local;
- b)Respeito pelas competências nacionais e comunitárias em matéria de fundos estruturais;
- c)Descentralização e participação social;
- d)Transparência, rigor e eficácia da gestão dos recursos financeiros;
- e)Reforço dos mecanismos de controlo e avaliação.