À JSN compete, relativamente aos militares, militarizados da Marinha e civis do MPCM:
a) Apreciar a aptidão física e psíquica para o exercício das funções relativas ao posto, classe e ou categoria profissional;
b) Emitir parecer sobre propostas de evacuação para o continente efetuadas pelas JSC;
c) Emitir parecer sobre propostas de observação e tratamento fora do sistema de saúde militar, quando, por impossibilidade deste, possa resultar um significativo prejuízo na prontidão operacional do pessoal;
d) Emitir parecer sobre acidentes ocorridos em serviço e propor, quando aplicável, a atribuição do grau de desvalorização na capacidade geral de ganho para o trabalho correspondente às sequelas identificadas;
e) Emitir parecer sobre propostas de
«Participação Obrigatória/Parecer Clínico»
no caso de suspeição de doença profissional, no sentido da sua apresentação à entidade com competência para a sua classificação;
f) Propor a apresentação do pessoal à junta médica competente, para efeitos de confirmação da incapacidade para o serviço;
g) Analisar os processos de apreciação periódica da aptidão física e psíquica, particularmente no que respeita ao controlo sobre os problemas de saúde identificados.