1 -O GCSMFA tem por missão planear, dirigir e controlar a segurança militar e defesa imediata das unidades e órgãos da Força Aérea.
2 -Ao GCSMFA compete:
a)Assessorar o Comandante Aéreo, elaborando estudos no âmbito da proteção da força, englobando os vetores de segurança militar e defesa imediata, defesa antiaérea, emprego de recursos cinotécnicos, inativação de engenhos explosivos convencionais, improvisados e de proteção no âmbito nuclear, radiológico, biológico ou químico (NRBQ);
b)Identificar as vulnerabilidades das unidades e órgãos da Força Aérea, em função da avaliação da ameaça, e promover a mitigação dos riscos;
c)Coordenar e controlar as atividades de segurança das unidades e órgãos da Força Aérea;
d)Implementar os conceitos de operações e estabelecer os critérios para a elaboração dos planos de contingência, na sua área de responsabilidade;
e)Propor a alteração dos estados de segurança das unidades e órgãos da Força Aérea, decorrente da avaliação da situação;
f)Propor a ativação da Célula de Coordenação de Segurança e Defesa;
g)Efetuar inspeções setoriais aos serviços sob a sua dependência funcional, em coordenação com a IGFA;
h)Supervisionar a prontidão operacional do NOTP;
i)Planear, coordenar e supervisionar as medidas ativas e passivas de deteção, dissuasão e controlo ou a repressão ao tráfico e consumo de drogas ilícitas e ao abuso de álcool, enquanto ameaças à segurança militar.