O CNIPES tem as seguintes competências:
a) Pronunciar-se sobre a articulação entre os centros de excelência de inovação pedagógica nacionais, sempre que solicitado pelo membro do Governo responsável pela área do ensino superior, por forma a promover um funcionamento em rede;
b) Participar no diálogo entre os agentes e os atores da educação superior para uma reflexão e atuação estratégicas no âmbito da inovação pedagógica;
c) Auscultar os agentes e os atores da educação superior, designadamente estudantes, técnicos especializados e decisores, relativamente a iniciativas estratégicas de cooperação;
d) Elaborar propostas, estudos, pareceres, recomendações e orientações para o desenvolvimento da inovação pedagógica, sempre que solicitado pelo membro do Governo responsável pela área do ensino superior;
e) Apoiar ações de divulgação de boas práticas de inovação e de formação pedagógicas, bem como de desenvolvimento profissional do corpo docente;
f) Promover a internacionalização da inovação pedagógica nacional;
g) Desenvolver outras atividades compatíveis com a sua missão;
h) Aprovar o seu regulamento interno, o plano de ação anual e o respetivo relatório de atividades.