A organização interna do GPEARI obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
a) Nas áreas de atividade relativas ao acompanhamento da supervisão pós programa de ajustamento macroeconómico a efetuar pela Comissão Europeia, pelo Banco Central Europeu e pelo Fundo Monetário Internacional, aos procedimentos no quadro do chamado Semestre Europeu, à elaboração de estudos e desenvolvimento de modelos, o modelo de estrutura matricial;
b) Nas restantes áreas de atividade, o modelo de estrutura hierarquizada.