A organização interna do GEE obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
a) Nas áreas de atividade relacionadas com o acompanhamento de empresas e investimento, com a análise económica e previsão, com o tratamento da informação estatística, com o acompanhamento de políticas e apoio à gestão, o modelo de estrutura hierarquizada;
b) Nas áreas da conjuntura macroeconómica, comércio internacional, estudos sectoriais, avaliação das políticas públicas, planeamento estratégico e política económica, o modelo de estrutura matricial.