A organização interna dos serviços da IGAC obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
a) Nas áreas de gestão relativas ao apoio jurídico e de contencioso, propriedade intelectual, recintos de espectáculos de natureza artística e de administração e gestão geral, o modelo de estrutura hierarquizada;
b) Nas áreas de inspecção, o modelo de estrutura matricial.