A comissão científica é o órgão de apoio, com funções consultivas, para as questões culturais e científicas do PNM, sendo a seguinte a sua composição:
a) O director do PNM, que a preside;
b) Um representante da Secretaria Regional de Agricultura, Florestas e Pescas;
c) Um representante da Secretaria Regional do Turismo e Cultura;
d) Um representante da Secretaria Regional do Equipamento Social e Ambiente;
e) Um representante da Secretaria Regional da Educação;
f) Um representante da Universidade da Madeira;
g) Um representante do Museu Municipal do Funchal.