1 - Ao DPFSE compete, designadamente:
a) Conferir, controlar e processar os pagamentos efectuados através do Fundo Autónomo - FSE;
b) Desempenhar outras funções de natureza financeira de que seja superiormente incumbida.
2 - Na dependência do DPFSE funciona a Secção de Processamento e Tesouraria (SPT).