À Secção de Contabilidade e Tesouraria compete:
a) Elaborar, de acordo com as normas e instruções superiores, os projectos e as propostas de alteração dos orçamentos;
b) Elaborar os processos de requisições de fundos;
c) Processar as remunerações e outros abonos devidos ao pessoal, bem como as demais despesas;
d) Arrecadar receitas e efectuar pagamentos de despesas, nos termos regulamentares e legais;
e) Prestar as necessárias informações inerentes à execução orçamental;
f) Elaborar a conta anual de gerência.