A EPHTM tem regulamento interno, a aprovar no prazo máximo de 60 dias após a entrada em vigor do presente diploma, sujeito à aprovação do director, ouvido o CC e o CP, que fixa, designadamente:
a) As normas complementares de funcionamento e articulação dos órgãos, serviços e estabelecimentos de aplicação da EPHTM definidas neste diploma;
b) O regime de faltas dos alunos;
c) O regime disciplinar dos alunos;
d) O regime do internato de alunos;
e) O regime de funcionamento dos estabelecimentos de aplicação.