1 - A EPHTM é dirigida por um director.
2 - O director é contratado, por livre escolha do Secretário Regional de Educação, em regime de comissão de serviço, podendo qualquer das partes cessar o contrato livremente de acordo com a lei geral do trabalho.
3 - O director tem como seus serviços de apoio:
a) O Gabinete Técnico e de Estudos (GTE);
b) O Gabinete Jurídico (GJ);
c) O Centro de Reconhecimento, Validação e Certificação de Competências (CRVCC);
d) O Núcleo de Projectos Comunitários (NPC).