O Secretário Regional do Mar e das Pescas exerce as suas competências nas matérias seguintes:
a) Oceanografia, pescas e aquicultura;
b) Valorização e preservação do meio marinho, em colaboração com o departamento do Governo Regional com competências em matéria de valorização e preservação do meio marinho costeiro;
c) Ordenamento do espaço marítimo até ao limite exterior da Zona Económica Exclusiva - Sub-Região Açores;
d) Planeamento e gestão das áreas marinhas protegidas em colaboração com o departamento do Governo Regional com competências em matéria de ordenamento, valorização e preservação do ambiente marinho costeiro;
e) Ordenamento e cogestão integrada com o Estado, do espaço marítimo para além do limite exterior da Zona Económica Exclusiva - Sub-Região Açores;
f) Cooperação com a Autoridade Marítima Nacional;
g) Colaboração com a investigação científica marinha;
h) Atividades marítimo-turísticas;
i) Inspeção Regional das Pescas e de Usos Marítimos;
j) Fundo de Compensação Salarial dos Profissionais da Pesca dos Açores (FUNDOPESCA).