À Secretaria Regional de Mar e Pescas são cometidas as atribuições referentes aos setores seguintes:
a) Pescas;
b) Aquicultura;
c) Valorização e sustentabilidade dos recursos marinhos;
d) Exploração e investigação do mar;
e) Licenciamento de usos do mar e seus fundos;
f) Recifes artificiais;
g) Coordenação da Política Regional do Mar;
h) Gestão dos Fundos Comunitários de Mar e Pescas;
i) Coordenação com a Autoridade Marítima Nacional e demais entidades que compõem o Sistema da Autoridade Marítima.