Para a prossecução dos seus objectivos, a SRAPA dispõe dos seguintes órgãos e serviços:
- a)De carácter consultivo:
Comissão Consultiva da Agricultura, Pescas e Ambiente (CCAPA);
Conselho Regional da Agricultura e Desenvolvimento Rural (CRADR);
Conselho Regional das Pescas (CRP);
Conselho Regional do Ambiente e Ordenamento do Território (CRAOT);
- b)De apoio técnico:
Gabinete de Planeamento (GP);
Repartição de Serviços Administrativos (RSA);
- c)De natureza operativa:
Direcção Regional do Desenvolvimento Agrário (DRDA);
Direcção Regional dos Recursos Florestais (DRRF);
Direcção Regional das Pescas (DRP);
Direcção Regional do Ambiente (DRA);
Serviços de ilha (SI).