Constituem objetivos gerais do PGPNIFLO, para além dos objetivos gerais da Rede de Áreas Protegidas dos Açores, nomeadamente:
- a)Assegurar a biodiversidade, através da conservação ou do restauro dos habitats naturais e da flora e da fauna selvagens num estado de conservação favorável e da proteção, gestão e controlo das espécies selvagens;
- b)Promover a proteção e manutenção da diversidade biológica e a integridade dos valores geológicos e dos recursos e valores naturais e culturais associados aos sítios protegidos, assegurando a sua articulação com as utilizações humanas compatíveis;
- c)Manter o continuum naturale com vista à salvaguarda da fauna e flora selvagens, tendo em vista a melhoria da coerência ecológica da Rede de Áreas Protegidas dos Açores, em especial das áreas protegidas integradas na Rede Natura 2000;
- d)Evitar a deterioração dos habitats naturais e dos habitats de espécies, bem como as perturbações que atinjam espécies nos sítios protegidos;
- e)Estabelecer as medidas necessárias para garantir uma proteção eficaz da paisagem, dos habitats e das espécies, mantendo uma vigilância permanente sobre o respetivo estado de conservação e adotando as políticas necessárias para garantir a sua manutenção num estado de conservação favorável.