A EHTM é dirigida por um director, coadjuvado por dois subdirectores, e tem a seguinte estrutura orgânica:
- a)Conselho Administrativo (CA);
- b)Repartição Administrativa (RA);
- c)Biblioteca;
- d)Corpo de Formadores (CF);
- e)Corpo de Alunos (CAL);
- f)Estabelecimento de Aplicação (EA).